L'Initiative est dirigée par l'Institut Bill & Melinda Gates pour la population et la santé génésique au sein du département de l'École de santé publique Johns Hopkins Bloomberg.

Les centres d'accélération régionaux de l'Initiative sont dirigés par des partenaires d'exécution avec des équipes techniques d'experts en santé de la reproduction en milieu urbain qui peuvent être élargies à mesure que d'autres pays y participent.

La Fondation Bill & Melinda Gates a fourni le financement de démarrage de l'Initiative, qui couvre les coûts de fonctionnement du siège mondial et des centres d'accélération, ainsi que le soutien technique. La fondation a également fourni un financement de démarrage pour le Fonds d'encouragement et s'est engagée à travailler avec le gouvernement et les donateurs individuels, les fondations, les organisations non gouvernementales et le secteur privé pour augmenter le Fonds et accroître la participation des villes.